刚果河流经热带雨林气候区，年降水量大，所以河流水量大，而尼罗河上游流经热带草原气候区，降水较少，所以河流水量也比较小。除了降水量之外，两条河流汇入的支流数量也影响着河流的流量大小。

刚果河流经刚果盆地，发育了很多支流，支流向干流汇入的水量大，导致刚果河水量增多。

尼罗河流经高原区，支流并不多。到了下游时气候干旱，降水稀少，几乎没有支流的汇入，而且由于气温高，水被强烈蒸发，导致了河流水量少。

刚果河与尼罗河水量季节变化情况也有差异。尼罗河水量季节变化很大，刚果河水量没有明显的季节变化。