《窗边的小豆豆》讲的是主人公小豆豆因为淘气而被退学了,所以她来到了一所新的学校——巴学园。巴学园十分特别:它是由几节废弃不用的电车车厢组成的;巴学园每到午餐时间,校长就会问大家有没有带“山的味道”和“海的味道”;“巴学园”可以选择自己喜欢的课程;在“巴学园”,如果上午就能把课上完,下午就可以集体去散步,学习地理和自然;夜晚可以在大礼堂里搭帐篷,听校长讲故事……
小豆豆每天都会做一些“傻事”。通常,大人们都会说一些“你在干什么?快停下来,你知道你在些什么吗?”之类的话。但小林校长不会说,他只会说:“做完之后,把东西放回去就好了。”所以,小豆豆从一个“坏孩子”变成了一个善良的好孩子。
小豆豆经常帮助别人,看到别人被欺负,哪怕对方很厉害,她也要拼命地去保护朋友,哪怕自己被弄哭。遇到受伤的小动物,也会不顾一切地去照顾它们。