这部影片讲述了一条住在深海里会魔法的小金鱼从爸爸藤本那儿溜出来,不小心一头扎进了玻璃瓶里,无法脱身。被五岁大的小男孩宗介发现,并解救了它,宗介亲切地叫它“波妞”,两人相处得非常好。但波妞的爸爸又把它捉了回去,波妞为了跟宗介一同生活,一心一意想变成人类,她再次逃回到宗介的身边,但由此引发了海啸,小镇被淹没了,宗介的妈妈不知去和向,他俩踏上了寻母之路。在路途中,他们历尽坎坷与艰辛,建立了深厚的友谊,最后,终于找到了宗介的妈妈,波妞妈妈也被他们的真诚友谊打动,同意让波妞与宗介永远在一起。在她妈妈的劝说下,她爸爸也同意波妞生活在人类,但提出的要求是宗介要信守承诺。宗介答应藤本会一辈子对波妞好。