秦琼投降李唐之后，协助李世民南征北战建功立业，确实颇有功勋。公元６２６年７月２日，秦王李世民发动玄武门之变。根据资料记载，李世民提前率领秦王府心腹将领多人，封锁消息，严阵以待，披坚执锐，埋下伏兵，并一举手刃李建成和李元吉，逼迫高祖李渊退位，夺得帝位。
 

 

　　然而，出现了秦琼是否参加玄武门之变的争议，这主要是新旧唐书里记载矛盾，在《旧唐书·长孙无忌传》中并无秦琼身影，导致形成了参与派和退隐派两个阵营。

 

　　正史中的参与者名单，一共有三份。其中两份出自新、旧《唐书。长孙无忌传》，开列的有尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九人。这些人都是清一色的武将，且大多名不见经传。从正史中记载的敬德手刃元吉，以及现存的杜君绰、郑仁泰、李孟尝等人的墓志碑刻，可以肯定，此九人是政变现场的直接杀戮者。

 

　　另一份名单，出自《旧唐书。太宗夲纪》，也是引起人们争论的根源。他们是：长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等十二人。不难看出，这份名单汇集了当时名气很大的文臣武将和遗臣新贵。那么，这些人是否都参与了玄武门之变呢？

 

　　长孙、尉迟、房、杜、高士廉、侯君集自不必说，都是史载明确的直接谋划和具体执行者。程、秦、段、屈、张的参与形式，其实可以从屈突通的安排上可见端倪。史书记载他“驰镇洛阳”，也就是说负责外围重镇。所以完全可以断定，秦、程等人作为威名四方的大将，一定是率领劲卒镇守京城要隘，或者是扫清外围、攻打太子府老巢（有人猜测是让秦琼保卫家眷，依李世民的政治军事头脑，根本不会做那样的傻事）。这从事宁之后的封食上也可以看出来：秦、程同拜左、右武卫大将军，食封均为七百户。所以说，秦琼一定是参与了玄武门之变的，这一点毋庸致疑！