努尔哈赤之母额穆齐共生有三个儿子—努尔哈赤、舒尔哈齐、雅尔哈齐，因雅尔哈齐早殁无嗣，在血缘上与努尔哈赤最为亲近的便只剩下舒尔哈齐一人。明《建夷考》中说他们是“一兄一弟，皆以骁勇雄部落中”，可见舒尔哈齐也是跃马弯弓、驰骋疆场的一名虎将。实力强大起来的努尔哈赤修建了第一个“国都”费阿拉城，舒尔哈齐成为建州女真部的“二号人物”。

 

　　在朝鲜国王派往建州女真的使者申忠一看来，“二都督”舒尔哈齐是一位“体胖壮大，面白而方。耳穿银环”的首领，他的服饰衣着和努尔哈赤没有区别。努尔哈赤拥有精兵万余人、诸将150名、战马700余匹，而舒尔哈齐拥有精兵五千人、诸将40名、战马400匹。

 

　　同年，舒尔哈齐第一次代表建州女真入京朝贡，明朝政府以等同于建州女真首领的标准对他进行了接待。不知道是不是这次京师之旅让舒尔哈齐认识到了身份地位与财富之间的关系，抑或是明朝政府的礼遇给了舒尔哈齐坚持女真旧俗“两头政长”的决心，原本和睦的兄弟之间出现了嫌隙。
 

 

　　随着统一大业的顺利推进，努尔哈赤的权力日益扩张。兄弟之间地位的差别越来越明显。万历三十五年(1607)三月，居住在蜚悠城的女真部落主动要求脱离乌拉部的控制归顺建州，努尔哈赤派舒尔哈齐和自己的儿子褚英、代善等人率军3000前往收编该部。返回途中，他们在乌碣岩遭遇领兵阻截的乌拉部贝勒布占泰，舒尔哈齐因顾虑与布占泰之间的姻亲关系而不肯参战。

 

　　事后，努尔哈赤虽然没有问责于舒尔哈齐，还赐予他一个“达尔汗巴图鲁”的称号，但却将舒尔哈齐的两名属将常书、纳齐以“不进战”之罪论死。这种敲山震虎的举动舒尔哈齐自然不会佯作不知，为了保全这两个人，他不惜以死逼迫兄长让步：“若杀此二将，则我亦属当死之列矣！”盛怒之下的努尔哈赤虽然免除了二将的死罪，却剥夺了舒尔哈齐的兵权，兄弟间的冲突爆发了。

 

　　舒尔哈齐难免忧愤满腹，他曾发怨言称：“此生有何可恋，不如一死！”于是渐渐产生了率部出走另立山头的想法，并将地点选在靠近明朝边境及海西女真领地的黑扯木(今辽宁铁岭市东南)。

 

　　为了避免建州女真的分裂，努尔哈赤曾经力劝弟弟不要移居黑扯木，但舒尔哈齐去意已决。万历三十七年(1609)三月，面对已然率部出走的亲弟弟，努尔哈赤不得不忍痛“断臂”——他没收了舒尔哈齐的财产，并将曾与舒尔哈齐一起密谋出走的亲侄子阿尔通阿、札萨克图处死，面对兄长咄咄逼人的气势，万念俱灰的舒尔哈齐不得不返回建州。按清代官方史书的说法，努尔哈赤见弟弟回心转意，便将剥夺的财产悉数归还，可是愧疚难当的舒尔哈齐还是在两年后突然过世。他出走后两年时间里的事迹乃至死因更是迷雾重重，堪称“清代第一疑案”。

 

　　在舒尔哈齐死去的第十个年头，六十三岁的努尔哈赤带领自己的子孙对上天立下誓言，要求后世子孙纵有不善者、作乱者，也不可兴同室操戈之念、不可开启刑伤杀戮之端。