世传元顺帝为宋朝德祐帝的儿子。程克勤《宋遗民录》称,德祐皇帝归降元朝后,被封为瀛国公。年龄稍长后,元世祖忽必烈将公主嫁给他为妻。有一天,元世祖梦见金龙缠绕殿柱。明天瀛国公来朝时,恰好站在他梦见金龙缠绕殿柱的地方。元世祖心理颇为不高兴,私下打算除掉瀛国公。公主将这个消息暗自告诉了瀛国公。瀛国公非常恐惧,于是请求出家为僧,元世祖答应了他的请求,号为“合尊大师”。
权衡《庚申帝大事记》称,瀛国公归降元朝后,在白塔寺中为僧。后来迁往甘州,有赵王非常可怜他的遭遇,赠以回回女。延祐七年四月十六日夜,生男,元明宗(时为周王)恰好路过此地,看见寺庙上方有龙文五采,问明缘由后,请求收养这个男孩为子,得到同意后,元明宗遂将他们母子一并带回。
袁忠彻《符台外集》记载,瀛国公学佛于吐蕃,娶迈来迪为妻。已有身孕,此时元明宗在漠北避难,与瀛国公关系亲密,求取迈来迪为妻,于是生下了元顺帝。《西湖志余》称,虞集在元文宗时草诏,有曰:“明宗在北方的时候,自己说过,顺帝不是自己亲生儿子。”元顺帝即位后,将虞集逮捕,押往大都(今北京),以皮绳绑腰,以马尾缝眼。到了大都后,虞集将文宗亲自修改的诏稿呈上,于是被释放。当时有人作十七字诗嘲弄虞集说:“自谓非其子,如今作天子,传语老蛮子,请死。”
《庚申外史》记载,尚书高保奇上奏称,文宗在位的时候,曾说陛下不是明宗的儿子。顺帝大怒,追查当时作诏书的人,欲杀虞集、马祖常二人。两人呈上文宗御笔,脱脱在旁说:“他们负天下大名,后世的人只会说陛下杀害了两个秀才。”顺帝这才赦免了他们两个。
余应撰《合尊大师诗》云:“皇宋第十六飞龙,元朝降封瀛国公。元君诏君尚公主,时蒙赐宴明光宫。酒酣舒指爬金柱,化为龙爪惊天容。侍臣献谋将见除,公主夜泣沾酥xiong。幸脱虎口走方外,易名合尊沙漠中。是时明宗在沙漠,缔交合尊情颇浓。合尊之妻夜生子,明宗隔帐闻笙镛。祈归行营养为嗣,皇考崩时年甫童。文宗降诏移南海,五年仍归居九重。至今儿孙主沙漠,吁嗟宋德何其隆。”
清代学者赵翼指出,野史未必尽可信,但是《元史》本纪,文宗至顺元年,以顺帝乳母夫言,明宗在日,素谓长子非己子,命翰林书其事于史馆。明年,复命奎文阁学士虞集作诏,播告中外。顺帝登基,以此事撤去文宗庙主,诏曰:“文宗私图传己子,乃构邪言,谓朕非明宗子,俾出居遐陬。”《虞集传》亦见此事。是顺帝非明宗子,当时已播人口。所以文宗驾崩后,皇后卜荅失里宁立明宗次子宁宗而不立顺帝。等到宁宗夭折,后才立顺帝。则《遗民录》等书所记,并非无因。按:至元十三年,瀛国公降,年六岁。至元二十五年,瀛国公学佛于吐蕃,年十八岁。延祐七年,顺帝生之岁,瀛国公年五十。计其年岁,亦不悬殊。
纪晓岚等人以为,顺帝为瀛国公之子,“核以事实,渺无可据,实为荒诞之尤,非信史也。”现代学者余嘉锡则认为:顺帝为瀛国公之子,不能一概斥为荒诞。其说颇可信,而苦于不得确证。