第二天夜晚，五人顺利起航，没想到遭到强烈的风暴，他们径直飘往太平洋，最终在抛掉气球上绝大多数东西后，几人在一个小岛上降落。这里荒无人烟，一点杂草都没有，周围尽是海水大浪。噩耗传来，最有智慧的人史密斯和他的狗托普不见了，大家很伤心，决心第二天去寻找他，没想到托普率先跑来，带大家找到了史密斯。
等到史密斯恢复体力后，大家开始思考史密斯是怎么从海洋里有回到陆地上的，稍作猜测后，众人开始去探索岛屿，他们为岛取名为林肯岛。接着，几人在花岗岩石壁里的洞穴里安家，史密斯与潘克洛夫制造出许多生活必需品，如玻璃、瓦片等。他们还去打猎，发现了许多飞禽走兽和鱼类。
他们不断探险，史密斯竟然用一粒麦穗种子种出一片稻田。这时，他们在海岸边发现一个木箱，里面有书籍、枪械、工具等物品，高兴的同时又感到疑惑，这箱子从哪来的，结合之前发生的事情，猎物被“偷”，史密斯“起死回生”以及花岗岩宫里水井传出怪声。大家怀疑岛上另有其人！
过了好几年，五人在与猩猩“打战”中胜利，并收养了一只猩猩，取名杰普，作为“仆人”和朋友；一次环岛旅行途中，潘克洛夫、赫伯特和史佩莱在对面的“达报岛”就出被流放十二年的英国人艾尔通，将其重返人性后，安置在羊圈附近的草屋里，当看羊人。六个人和两只动物，正式成为岛上的“国王”，过着与文明社会相同“奢侈”的生活。
这天，艾尔通说出自己的秘密，原来，他是大洋洲的海岛头子，与手下准备抢走格兰特船长的船，没想到计划失败，为了赎罪，艾尔通自愿来到林肯岛待上十四年，然后再接回英国；大家有了希望，等着船长来接艾尔通，这样“战俘”们就能回美国了。
原以为等待的日子能一帆风顺，可是赫伯特再一次用老相机照相时发现照片中有一艘船的一件物品，它不是救援船而是海盗船！居民们做好了迎战海盗的准备，据艾尔通的侦查，这些人正是艾尔通几十年前的同伙，同伙比以前还凶狠，早忘记了艾尔通，艾尔通险被杀。他们与海盗大战起来，但海盗的武器火枪比居民的更先进。居民们只有几杆火枪，六人只能躲进花岗岩宫里，却不料被海盗发现，海盗头子独眼龙下令炮轰宫殿，千钧一发时刻，海盗船突然爆炸，掀起五十多米高的巨浪，船被撕成两半，海盗们双双亡命，其中六个海盗提前逃到岛上。
史密斯带领众人搜刮了海盗船残骸一番，获得了许多物资，发现船是被水雷炸裂的。水雷威力极大，到底是谁干的呢？后来，赫伯特患上疟疾，危机时刻，石宫里忽然出现药品治好赫伯特，剩下的六个海盗被发现时，已惨死沙滩，是谁在一直帮助着他们？神秘人现身了，他用电线引来居民，他就是尼摩船长，自从上次几个法国人从尼摩船长手中逃走以及船员纷纷去世后，他就开着这鹦鹉螺号水下潜艇在林肯岛的地下洞穴里生存，尼摩船长已经快要死了，他真发着高烧，安排好后事后，他将海底宝物赠送给居民，史密斯据尼摩船长的遗嘱，忍痛将潜艇闸门打开，尼摩船长和潜艇沉入海底。
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